La pédagogie de l'alternance est une pédagogie de l'intérêt et du concret. La formation est centrée sur les motivations et l'engagement du jeune. Il participe à la vie professionnelle et la MFR apporte une réponse aux interrogations que lui posent ses expériences, ses observations dans le milieu de vie. L'alternance pratiquée dans les MFR mobilise quatre acteurs :

- Le jeune s'engage dans une démarche personnelle de formation, s'intègre dans un parcours d'alternance (régularité dans le travail, intérêt pour une activité professionnelle, participation à une équipe de travail...) et accepte les règles de vie en groupe et en centre résidentiel.

.- La famille accompagne la formation du jeune, collabore à la recherche du stage. Elle participe à la vie de l'association notamment aux réunions de parents et établit des relations avec les formateurs et les maîtres de stage pour un dialogue constructif.

- L'entreprise ou l'organisme de stage qui accueille le jeune, lui fait découvrir son entreprise, s'intéresse à son travail
et à ses activités scolaires. Le maître de stage, le maître d'apprentissage transmet son savoir-faire professionnel et permet au jeune "d'oser faire".

- L'équipe de formateurs favorise les acquis du jeune lors de son retour à la MFR en facilitant l'expression et la mise en commun des expériences vécues en stage. Les formateurs organisent l'acquisition des connaissances à partir du concret. Durant l'année ils visitent les maîtres de stage et les familles.

La pédagogie employée repose sur l'expérience du jeune en milieu socio-professionnel.
Celle-ci est au moins égale à la durée de la formation en MFR.

A titre d'exemple on peut citer
Pour un BEPA en 2 ans
- 1200h de formation à la MFR (environ 35 semaines)
- 45 semaines de stage en entreprise
Pour un CAP par aprentissage en 2 ans
- de 910h à 980h en MFR
- les autres semaines de l'année, hors congés, se déroulent dans l'entreprise dans laquelle le jeune a signé son contrat.